新系統   　　??探索之石 　　?- 在游戲途中對探索之石進行調查的話，就會幫助你回顧劇情以及關鍵點，讓無措的玩家重新找到方向。 　　- 探索之石在林克家邊上的時之神殿中。 　　- 在N64版中沒有探索之石。??   　　裡塞爾達 　　?- 裡塞爾達是一個與塞爾達正篇完全鏡面反轉的世界，只有將游戲通關之後才能開啟。 　　- 在裡塞爾達中，迷宮中的謎題和寶箱的位置會發生改變，並且房間裡面的怪物也會增加，而且怪物造成的傷害是正篇裡面的兩倍，裡塞爾達的難度將會更高。 　　- 正式名稱為《塞爾達傳說 時之笛 3D裡》，原本是《塞爾達傳說 風之杖》預約特典的同捆內容，此次《塞爾達傳說 時之笛 3D裡》基本沒有變化，唯一的不同是敵人的傷害加倍。??   　　BOSS挑戰 　　- 在林克成年時代，森之神殿通關之後可以回到過去和曾經戰斗過的BOSS再度開戰，將它打敗之後系統會記錄你的戰斗時間。   　　??操作??   　　視角 　　- 使用3DS內置的陀螺儀，來轉換林克的視角 　　- 使用弓箭等道具的時候就會切換成林克的主視角，能夠加強玩家愛的臨場感，難度變得更高。   　　??3DS下屏畫面 　　- 在3DS的下屏畫面，可以進行裝備變更 　　- 地圖確認·道具裝備·笛子曲目確認，操作更加方便。 　　- 在N64版本中，需要進入菜單畫面選擇地圖顯示，才能看到地圖，在3DS版本中，可以直接在下面畫查看。 　　- 可以直接按點觸下屏幕使用道具?·通過下屏幕的點觸按鍵I&II和XY進行組合可以使用4個種類的道具，B鍵固定是劍的按鍵。 　　- 可以通過下屏幕進行笛子的演奏，效果更加直觀。   　　??冒險??   　　迷宮 　　?- N64版中炎之神殿的BGM在重制版中移除 　　- 水之神殿房間5的銀色機關位置改變，難度降低，N64版中一定要使用回旋斬的鐵格子機關，在3DS版中不需要特定回旋斬。並且去除了時間限制。 　　- 暗之神殿房間14，隱藏著的針刺在N64版本中碰觸就會失血，在3DS版本中不會少血了，長時間碰觸的話會少量失血。 　　- 暗之神殿冥土渡船沉默的時候，需要立即轉移到陸地上，N64版中的沉默提醒在3DS中刪除。   　　??街 　　?- 炎之神殿通過之後和組長對話葛隆的商店門就會打開，在N64版本中需要對話兩次，3DS版只需要對話一次。   　　??野外 　　- 蓋爾特族的模型進行改變   　　??道具 　　- N64版中對應震動包的震動石去除??   　　怪物 　　- アイアンナック的攻擊在林克小時候用盾牌防御不住。 　　- ガノン的攻擊在林克成年的時候用盾牌防不住。??   　　BUG