以下內容是原本的劇情,並非是V社要計劃推出第三章。
在半條命2 Eli Vance死後,抵抗軍埋葬了她,秉承她的精神繼續前進。Alyx和Freeman乘坐直升機很快去了南極去摧毀Borealis破冰船。另外一個規模較大的隊伍則通過其他工具追隨他們。
然而,Freeman的飛機墜毀了。在冰冷的暴風雪中前行、追隨坐標來到Borealis後,隊伍突襲了一個他們認為是聯合軍布置的軍事基地。後來才發現聯合軍建造了這個結構是為了研究Borealis。
Freeman和Alyx很快發現這個坐標是破冰船預期到達的地方,並非是當前的地點。在決定尋找登船方法後,他們二人看到了Wallace Breen博士,更准確的說是,攜帶者Breen本人意識的引導程序。
Breen引導程序並不知道原本的Breen博士已經死去,在和兩人交談後,這個引導程序請求他們二人結束自己的生命。Freeman二人也照做了。不久,他們在拘留室裡找到了Judith Mossman。這時事情很快變得糟糕起來,因為Alyx因為其父親之死扇了Judith一耳光,而Judith則表示,自己是一個雙面特工,一直為抵抗軍效勞。
Alyx並不相信Judith,但他們還是一起朝著坐標前進。Judith還順帶了一些聯合軍的追隨者。在那裡他們看到了一連串故事線的不同部分。他們發現一個研究團隊創造了一個傳送裝置,叫做Bootsrap。
這發生在入侵多年之前,當聯合軍終於占領地球的研究設施後,團隊非常絕望,決定使用這個設備將破冰船送往他們所能達到的最遙遠的地方,也就是南極地區。這個傳送裝置實際上能跨越時間和空間,科學家們並沒有發現。
目睹這個秘密後,他們又發生了爭執。Judith認為the sub必須送到抵抗軍手裡,但是Ayx卻為了父親的意願想摧毀它。在爭吵過後,Alyx殺了Judith。Freeman和Alyx然後駕駛這個裝備有時間旅行導彈的破冰船去了聯合軍的指揮中心。
接著Alyx首次看到了G-Man,Alyx追隨了他。由於sub要被摧毀,伏地岡人(Vortigaunts)來了並抓住了Freeman,將其送到了未來的時間線。Freeman表示研究團隊大部分人他並不認識,不過偶爾有些人能記住他。
說到這裡,劇本就結束了。未來將發生什麼,劇本中沒有說明。G-Man的起源,以及大量其他懸而未決的問題仍然是一個謎。
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