武功講究內修外練。內修在前，可見內修為基礎，要先習得基礎，打牢根基，真正的上乘功夫才能得心應手。內修催動外練，使拳腳，兵器的功夫更加變幻、強大。《九陰真經》手游汲取端游精髓，龐大的玩法體系中也隱含內修和外練兩種武學思維。內修顧名思義內功修煉，向內體悟，外練則是武學套路的研習。兩相結合，以內修為基，外練為器。

內功修煉，並非一朝一夕之功，更講究的是長久而反復的錘煉，厚積而薄發，水到渠成。玩家可以修煉各門各派以及江湖上的內功，搭配武學招式套路的修煉，從而使自己在戰斗中擁有讓對手難以琢磨的高深實力，同時內功修煉的過程中也能打通全身各大經脈，提升玩家實力。武學和內功一樣也需要千錘百煉，方能施展出它巨大的威力，一套武學的研習程度以“層”為單位衡量，修煉的層數越高，實力越強。

《九陰真經》無論是端游還是手游，都不是簡單的等級，屬性的疊加，每一種內功修煉到一定程度之後都會觸發其特殊的內功特效，基於特效，選擇武學套路以及兵器，事倍功半。內功和武學招式的獲得則看玩家的“機緣”了，無論師門拜師學習，還是通過奪書、禁地以及踢館等，亦或是江湖奇遇，獲得方式多種多樣。