在忍者百分百手游中，有數十個精彩的副本系統，我們大致將其分為普通副本及精英副本，在完成副本後系統會掉落寶箱，玩家可以利用寶箱的招募令進行酒館招募!
【普通副本】
1、分為三種不同的據點，木質據點難度最低，只有一波敵人需要挑戰。
2、銀質據點難度稍高，敵人較多。金質據點一般都為關底Boss，具有更高難度。
【精英副本】
1、在精英副本中，普通副本裡出現的精英將會全部卷土重來，敵人數量不僅會更多，而且難度也會更高，極具挑戰性。
2、當然通關後獎勵回報也足夠誘人!游戲中的主要裝備都通過精英副本來掉落。
【副本寶箱】
1、每當通關一種難度後，可以在當前關卡獲得一顆星，當星數達到所需要的數量後，可以在當前的副本寶箱中領取寶箱獎勵。
2、寶箱獎勵中擁有游戲中的珍貴道具招募令，可用於一次酒館特殊招募。
