《深淵傳說3DS》的流程和PS2版的幾乎一樣，因此攻略可通用。下面是PS2版的流程攻略。
バチカル城
開始是一段GC，隨後切到主角的房間，這裡可以看一下本作的新菜單，變化的不錯，隨後到右邊房間和知事對話，接著回到自己房間，劇情過後，去左邊的房間（接待之間）見過父親（公爵，其實不是主角親生父親）和自己的武術老師，然後到外面的中庭學習基本的戰斗技能，隨後劇情，缇亞來襲擊武術老師（其實是缇亞哥哥），之後和主角一起被傳送走。
タタル溪谷
一開始的第一個小場景，熟悉一下本作的遇敵吧，敵人是可見的，缇亞的歌聲確實比較美，到門口可以選擇乘坐馬車，坐馬車的途中會有受到攻擊的劇情，然後可以選擇繼續乘坐或者是步行，繼續乘坐直接到達村子，步行要過一個橋才能到村子。
食料的村
右上觸發主角吃霸王蘋果的劇情（真是王子慣了啊），接著到底下的宿屋睡覺，可以看到大佐也在裡面，接著睡一覺（睡覺還有小劇情），第二天往北出發。
チグール森林
一進入森林就劇情，劇情後缇亞得到新稱號，一直往北到一棵大樹下，調查蘋果，劇情後到樹洞裡可愛的伙伴加入取得系列傳統的放火的解迷能力，這裡有一個用火燒掉樹木才能得到的寶箱，效果是切換地圖上的領隊，隨後到右邊燒掉樹木開出新路繼續前進，深處第一場Boss戰，傑德會在戰斗一半時加入，之後滅掉Boss即可，無難度可言，之後回到大樹內，接著到森林出口觸發劇情隨後離開，進入戰艦。
戰艦內
和阿妮絲對話她會加入，然後和士兵對話選第2個會出現開會的劇情，隨後出門和大佐對話，會出現劇情，6神將之一的黑獅子來襲，劇情裡主角嚇的不敢動，劇情過後大佐歸隊，然後順著樓梯往上爬，到最左邊會發生主角不敢和士兵戰斗的劇情，隨後3人被抓，在大佐的幫助下大家逃了出來，先到底下的右邊房間內取回裝備，再從最右下的房間一直走出去，這裡有第一個推箱子迷題，很簡單的，熟悉一下即可，到出口觸發劇情後凱加入。
東部平原
一直往東南方向移動會觸發劇情戰斗，看到缇亞為了保護自己而受傷，主角似乎燃起了戰斗的勇氣，接著跟每個人對話一次然後睡一覺，之後接著繼續前進即可到達セントビナー。
セントビナー
左邊門口有看到神盾部隊的劇情，然後和樹下的小男孩對話，再進入上面的基地，得到世界地圖，然後去睡一覺，第2天往南走去フーブラス川，有點難找，如下圖。
フーブラス川
劇情，可以使用FOF了，之後走到一半劇情，學到新的技能，這裡可以用火燒掉爛的樹來開寶箱，最後走完フーブラス川後到達カイシール。
カイシール
一進入村子就劇情，隨後到宿屋睡一晚，劇情主角學到新的技能，第二天和主角老師對話，得到旅卷後就可以通過把守的士兵到達南邊了。
カイシール軍港
繼續往南來到カイシール軍港，到裡面可以看到主角老師的劇情，接著繼續前進來到コ-ラル城。
コ-ラル城
コ-ラル城在去軍港的岔路口往左走到底，這裡可以在地圖上隨機遇到盜賊類的敵人，戰後獎勵頗豐，一進入コ-ラル城的內部就強制和石頭人開打，難度不大，就是物理防御比較高，然後要打敗身上有紅色球和藍色球的敵人，黃球和綠球的打了沒用，藍球的敵人在左邊樓梯裡，要用火把它定住才能打，紅球的敵人要把石像排好檔住它的路才能打到，然後回到底下石板前即可打開通路（所以要藍和紅的才能合成紫），接著一路沿路走到頂樓，劇情被抓走，6神將之一的某人好Cool啊，接著再次走到頂樓迎戰Boss，第一次出現集團Boss戰，有一定難度，建議先打Loli，活用攻擊取消不讓她發魔法，戰之前最後備點藥，多注意HP下，戰後老師出現，可以選擇坐馬車或者走路回到軍港，如果選擇走路的話可以再走到底層挑戰系列傳統的魔劍（骷髅）戰士，目前打不過的話以後再來吧，反正這個城都在的。
カイシール軍港
到軍港的小基地房間裡和伯爵對話，第二天出航。
聯絡船
到甲板上跟大家對話後有劇情。
流通據點ケセドニア
去領事館（右下港口上面）途中會劇情碰到系列經典的EG3人組（漆黑之翼），再去アスター屋（中間最大的房間）出來後劇情，接著自動回到船上繼續航行。
聯絡船
劇情敵人出現，走到甲板後，按叉緩慢走到機器人處得到重要道具（效果為地圖上移動速度加倍），隨後走到甲板中間Boss戰，難度還可以，Boss的HP19000，弱點為水屬性，Boss的正面連擊要注意防御。
バチカル城
到右邊坐纜車，接著坐2次的升降機到達王宮，和インゴベルト6世對話後離開王宮，接著往左邊走回到一開始的地方，跟主角父親對話後，到以前去過的接待室劇情後再到主角母親的房間對話後就可以回到自己最初的房間休息，第二天再次去王宮，劇情後主角得到新的稱號，然後去王城1樓左邊的罪人部屋和老師對話後，去升降機左邊乘纜車到達道場，劇情後就可以開始使用FS了，這裡還有斗技場，之後乘天空客車到達廢工廠。
廢工廠
一到裡面娜塔莉亞就加入了（弓箭女，等你很久了），途中的一些機關需要用火燒著油筒才能打開，然後才可以乘坐電梯，還有的機關要用火燒著滴下的油才能讓油筒燒著，還有一個迷題是要把一個油筒推到下面，再從上面一個塌下的油管出放火才可以燒著，一路順著走到最深處迎戰Boss，22000的HP，整體難度依然不大，離開迷宮後一段不錯的CG。
